注意：因業務調整，暫不接受個人委托測試，望見諒。
北檢(北京)檢測技術研究院可以針對組織切片、活檢樣品、全血、血漿、血清、尿液、糞便、痰液、咽拭子、支氣管灌洗液、土壤、水樣等樣品進行檢測，可提供細菌群落結構分析、病原菌檢測、耐藥基因檢測、基因組學研究、病原菌溯源等檢測服務，能夠針對國標、美標等檢測標準對樣品進行檢測，北檢院專注科研測試，致力于推動科技進步，出具的NGS細菌檢測的檢測報告多方認可。
檢測樣品
血液
糞便
組織樣品：包括組織切片、活檢樣品等。這些樣品通常用于研究細菌感染與疾病相關性，或者進行微生物組學研究。
血液樣品：可以是全血、血漿或血清樣品。這些樣品通常用于檢測血液中的細菌感染，如敗血癥。
尿液樣品：尿液是常見的細菌感染樣品，如尿路感染。NGS可以用于檢測尿液中的細菌群落及其相關性。
糞便樣品：糞便是研究腸道微生物組的重要樣品。NGS可以用于檢測腸道細菌群落，研究腸道菌群與健康或疾病之間的關系。
呼吸道樣品：包括痰液、咽拭子、支氣管灌洗液等。這些樣品可以用于檢測呼吸道感染的細菌，如肺炎。
環境樣品：如土壤、水樣等。NGS可以用于研究環境中的細菌群落結構和多樣性
檢測項目
細菌群落結構分析：通過對樣品中的細菌DNA進行測序，可以了解細菌群落的組成和多樣性。這對于研究不同環境中的細菌群落、腸道菌群和土壤微生物等具有重要意義。
病原菌檢測：NGS可以用于檢測樣品中的病原菌，包括細菌感染的病原菌。通過對細菌基因組的測序，可以確定病原菌的種類和亞型，幫助診斷和治療感染性疾病。
耐藥基因檢測：NGS可以用于檢測細菌中的耐藥基因，包括耐藥性突變和耐藥基因的存在。這對于指導抗生素治療和監測耐藥性的傳播具有重要意義。
基因組學研究：NGS可以用于對細菌基因組進行全面的測序和分析，包括基因組結構、基因功能、基因組演化等方面的研究。這有助于深入了解細菌的生物學特性和適應性。
病原菌溯源：通過NGS技術，可以對疫情爆發或食品安全事件中的細菌進行追蹤和溯源，幫助確定病原菌的來源和傳播途徑。
檢測方法
樣品處理和DNA提取：根據不同的樣品類型，選擇適當的方法提取細菌DNA。常見的方法包括商用DNA提取試劑盒、酚氯仿法、磁珠法等。
DNA文庫構建：將提取到的細菌DNA進行文庫構建，包括DNA片段化、連接測序適配體、PCR擴增等步驟。這些步驟可根據實驗室的具體流程和使用的文庫構建試劑盒進行操作。
測序：將構建好的DNA文庫進行高通量測序，通常使用Illumina、Ion Torrent或PacBio等測序平臺。測序的深度和覆蓋度可以根據需求進行調整。
數據分析：對測序得到的數據進行生物信息學分析。這包括序列質量控制、去除污染序列、比對到參考基因組、物種鑒定、功能注釋等步驟。數據分析的具體方法和軟件工具取決于研究目的和數據類型。
結果解讀和報告：根據數據分析結果，對細菌的種類、數量、耐藥基因等進行解讀，并生成相應的報告。結果解讀需要結合臨床或研究背景進行綜合分析和解釋。
檢測儀器
Illumina
Ion Torrent
檢測標準
參考文獻：胸膜感染是一種常見的嚴重疾病，在世界范圍內具有很高的發病率和死亡率。由于基于培養的病原體檢測方法敏感性不足，且識別微生物有偏向性，因此人們對胸膜感染細菌學的了解仍不全面。作者設計該研究，目的是發現和調查感染胸膜的微生物組，并評估細菌模式與患者1年生存率之間的相關性。
TORPIDS(The Oxford Pleural Infection Metagenomics Studies)是2020年一個PILOT試驗(探索性研究)的后續研究。263份胸腔積液標本進行了細菌DNA提取，然后進行16S rRNA NGS數據分析。這些樣本中的243份來自確認的胸膜感染的成年患者，20份來自非感染性原因的胸腔積液患者。為了估計背景污染，作者對10個無模板對照樣本(陰性對照組，PCR級水)采用了同樣的方法進行分析。
16S rRNA NGS的數據分析
使用FastQC管線進行質量評估，并使用DADA2管線對原始16S rRNA NGS數據進行下游分析。對擴增子序列變體進行分類，如果無法分類到已知的門或只在陰性對照組的樣品中發現，則將其刪除。具有相同分類的擴增子序列變體被合并，那些少于100個reads的擴增子被刪除。每個樣品中X細菌的豐度計算公式為：樣品Y中X細菌的reads數/樣品Y的總reads數*100。豐度低于1%的細菌被刪除。如果陰性樣本中存在的細菌在PILOT樣品中的豐度低于10%，則從每個PILOT樣品中刪除。
細菌分類
將確定的細菌分為九個不同的類型：厭氧菌(Anaerobes)、腸桿菌科(Enterobacteriaceae)、金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、咽峽炎鏈球菌(Streptococcus anginosus)菌群、肺炎鏈球菌(S. pneumoniae)、分枝桿菌(Mycobacterium)、其他革蘭氏陽性菌、其他革蘭氏陰性菌和不可知的細菌。與腸桿菌科、金黃色葡萄球菌、咽峽炎鏈球菌菌群、肺炎鏈球菌和分枝桿菌有關的細菌被歸入相應的組別。這五種病原體外的病原體，如果是嚴格意義上的厭氧菌則被劃歸為厭氧菌。剩下的病原體被歸為其他革蘭氏陽性菌或其他革蘭氏陰性菌。如果一種細菌，在一個樣本中發現且分類信息不完整，則被劃分為不可知。
樣本分類
為了探索結果與物種豐度之間的聯系，作者根據主要病原體的豐度將樣品分為五組，1種單微生物組和4種多微生物組。單微生物組中，主要病原體的reads占總reads數的100%(MM組)。四個多微生物組分別為PM1組，PM2組，PM3組和PM4組。劃分標準分別是：主要病原體的豐度大于等于1%且小于25%(PM1組)、大于等于25%且小于40%(PM2組)、大于等于40%且小于60%(PM3組)、大于等于60%且小于100%(PM4組)。使用這四個不同的多菌種分組來探討多菌種情況與病原體和病原體產生的影響的關系。
無監督聚類、相關性和微生物距離分析
為了研究細菌之間的關聯并確定細菌模式，作者進行了無監督聚類分析，使用了歐氏距離和最遠距離法，并使用R包Pheatmap進行圖形繪制。此外，還進行了UMAP分析。為了探索不同樣品之間的相關性，并進一步比較細菌組成，作者使用Spearman方法進行相關性分析，并使用R包corrplot進行圖形繪制。為了研究β多樣性(樣本之間的微生物的異同)，使用weighted unifrac進行了微生物距離分析。研究結果
16S數據識別出245種不同的細菌種類
在243個PILOT研究樣本中確定了245個不同的細菌種類(表1)。厭氧菌的平均豐度最高(占所有細菌reads數的33.5%)，其次是其他革蘭氏陰性菌(27.5%)和咽峽炎鏈球菌菌群(11%)。厭氧菌中，梭桿菌屬(Fusobacterium)、普氏菌屬(Prevotella)、卟啉菌屬(Porphyromonas)和微單胞菌屬(Parvimonas)最為豐富，這些物種在口腔和牙齒微生物組中都有報道。在243個PILOT樣本中，有165個樣本(68%)檢測到厭氧菌，143個樣本(59%)檢測到其他革蘭氏陰性菌，而70個樣本(29%)的咽峽炎鏈球菌菌群呈陽性。盡管其他革蘭氏陽性細菌在各個樣品中的豐度很低(6~9%)，但在73個樣品(30%)中被識別出。腸桿菌科細菌存在于52個(21%)樣本中，其平均豐度為8%;樣本中的腸桿菌科中，大腸桿菌(Escherichia coli)和克雷伯氏菌屬(Klebsiella)最為常見。在31個(13%)樣品中檢測到肺炎鏈球菌，平均豐度為10.5%。
檢測流程
1、收到客戶的檢測需求委托。
2、確立檢測目標和檢測需求
3、所在實驗室檢測工程師進行報價。
4、客戶前期寄樣，將樣品寄送到相關實驗室。
5、工程師對樣品進行樣品初檢、入庫以及編號處理。
6、確認檢測需求，簽定保密協議書，保護客戶隱私。
7、成立對應檢測小組，為客戶安排檢測項目及試驗。
8、7-15個工作日完成試驗，具體日期請依據工程師提供的日期為準。
9、工程師整理檢測結果和數據，出具檢測報告書。
10、將報告以郵遞、傳真、電子郵件等方式送至客戶手中。
檢測實驗室（部分）
檢測優勢
1、綜合性檢測技術研究院等多項榮譽證書。
2、檢測數據庫知識儲備大，檢測經驗豐富。
3、檢測周期短，檢測費用低。
4、可依據客戶需求定制試驗計劃。
5、檢測設備齊全，實驗室體系完整
6、檢測工程師專業知識過硬，檢測經驗豐富。
7、可以運用36種語言編寫MSDS報告服務。
8、多家實驗室分支，支持上門取樣或寄樣檢測服務。
結語
以上是關于NGS細菌檢測的檢測服務介紹，僅展示了部分檢測樣品和檢測項目，如有其它需求或疑問請咨詢在線工程師。
